Зайдите в скрытую папку .git в репозитории и найдите внутри папки info файл exclude без расширения. Полный путь .git/info/exclude

Он работает как локальный git ignore (только для вашей копии репы) и иногда может скрыть от гита файлы, которые не получается скрыть через git.ignore

gitignore папку, которая уже в гите

Убираем файлы из индекса (не сами файлы из рабочего дерева)…

$ git rm -r --cached .

…добавляем убранное в staged…

$ git add .

…и коммитим!

$ git commit -m "Clean up ignored files"

rm -rf .jekyll-cache
git commit . -m "Delete cache directory"
git push