Чтобы source control поддерживал репу внутри репы нужен опр. порядок папок в workspace (если у вас открыто много папок в файловом менеджере vs code).

Корневой репо должен идти ПОСЛЕ то есть НИЖE внутреннего.

Например, если это сборка джекила, то

_site
jekyll-dev

В некоторых случаях у меня требовалось поднять _site на самый верх.