Установите Clink оригинал или форк с поддержкой и измените настройку “terminate_autoanswer”. Файл с настройками должен быть здесь: C:\Users\<username>\AppData\Local\clink\settings.

# name: Auto-answer terminate prompt 
# type: enum 
# Automatically answers cmd.exe's 'Terminate batch job (Y/N)?' prompts. 
0 = # disabled, 
1 = answer 'Y', 
2 = answer 'N'. 
terminate_autoanswer = 1

или запустите clink set terminate_autoanswer 1 Можно посмотреть текущую настройку, если запустить без последнего аргумента. Также можно узнать, где лежит файл конфига через clink set.

Эта настройка не отключает вопрос полностью, но позволяет нажать ctrl+c два раза для выключения.