Такое случается, если создать локальный репозиторий отдельно от удаленного и если у них отличаются истории. Иногда задать remote вручную недостаточно и происходит конфликт. Не работают ни push, ни pull.

Эта команда позволит сделать pull при конфликте историй.

git pull https://github.com/user/repo --allow-unrelated-histories

Будьте осторожны! Убедитесь, что комитите те изменения, которые вам нужно.